TRAMA: La storia inizia con una breve scena in cui si narra quello che successe migliaia di anni fa, quando il Faraone Atem (o anche Yami Yugi) rinchiuse la forza oscura dei Giochi delle Ombre (Yami no Games) dentro ai leggendari Oggetti del Millennio fra cui il Puzzle del Millennio. Poco dopo la scena mostra Yugi Mut? che finalmente dopo molto tempo di duro lavoro, completa il Puzzle liberando i mostri di Duel Monsters e Yami…